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Grande parte do estado do Missouri, no meio-oeste, é coberta por florestas, incluindo a Floresta Nacional Mark Twain, na região sul do estado. Outros habitats do Missouri incluem os pântanos submersos, cavernas subterrâneas e cidades altamente povoadas, incluindo St. Louis, Kansas City e Columbia.
Florestas
No outono de 2010, o Missouri possui mais de 14 milhões de acres de florestas e está em sétimo lugar entre os estados dos EUA em termos de área de floresta. Muitas das florestas Show Me States são de propriedade privada, 85%, mas o público tem acesso a parques estaduais e nacionais. O maior ecossistema florestal do Missouri é o Mark Twain National Forest, de 1,5 milhão de acres. Esta floresta fica nas colinas do norte das montanhas Ozark e se espalha por 29 condados. As árvores comuns nas florestas do Missouri incluem o carvalho escarlate e a nogueira do Missouri.
Zonas úmidas
Áreas úmidas são áreas em que a superfície terrestre é coberta por água, como pântanos, pântanos e pântanos. Quando o Missouri foi estabelecido pela primeira vez no século 19, o estado tinha mais de 2,4 milhões de acres de pântanos. A partir de 2010, existem 60.000 acres restantes - 2% do estado. A perda de áreas úmidas é atribuída à construção e drenagem de rodovias para o desenvolvimento agrícola. As zonas húmidas de Missouris são habitats para uma variedade de espécies selvagens, incluindo os sapos verdes, castores e aves aquáticas.
Cavernas
O Missouri abriga mais de 6.000 cavernas, tornando-se o estado com o segundo maior número de cavernas nos Estados Unidos. As cavernas são formadas quando a água afunda através das camadas calcárias e rochosas da crosta terrestre e erode a terra sob essas camadas. Karst é o nome da topografia que inclui cavernas e buracos na pia. As cavernas de Missouris abrigam mais de 900 espécies de animais marinhos e terrestres, como peixes de caverna Ozark, salamandra de caverna, sapo anão americano e Phoebe oriental, uma espécie de ave. Visitas guiadas estão disponíveis ao público em certas cavernas, incluindo a Caverna Onandaga e as Cavernas da Montanha Onyx.
Urbano
Um ecossistema urbano inclui cidades desenvolvidas pelo homem e como essas áreas afetam o ambiente circundante. O ecossistema urbano de Missouris consiste em aproximadamente 6 milhões de pessoas que vivem em mais de 960 cidades. Os dois maiores ecossistemas urbanos do Missouri são Kansas City e St. Louis. Ecossistemas urbanos ambientalmente saudáveis têm controle eficiente de poluição, infra-estruturas rodoviárias e sistemas de abastecimento de água. Um exemplo de característica urbana ambientalmente saudável é o sistema de metrô de St. Louis, que é uma forma de transporte livre de poluição. Os ecossistemas urbanos também têm parques municipais protegidos e mantidos pelo governo, que oferecem ambientes naturais com árvores, espécies selvagens e lagos. Os grandes parques urbanos do Missouri incluem o Forest Park em St. Louis e o Riverfront Park em Kansas City.