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Os principais tipos de bactérias eram tradicionalmente classificados por características físicas ou reações a diferentes tipos de coloração. O advento da genética molecular permitiu uma divisão mais cuidadosa dos diferentes grupos de bactérias. Muitos cientistas acreditam que a antiga classificação de bactérias deve ser dividida em dois ou mais reinos.
Reinos
A classificação mais alta dos seres vivos são os reinos. As bactérias já foram classificadas em um reino conhecido como Protista, mas muitos cientistas argumentam que o antigo reino deveria ser dividido em dois reinos com base em evidências genéticas moleculares. Os novos reinos seriam bactérias verdadeiras, Eubacteria, e bactérias antigas, Archaebacteria, que hoje sobrevivem em ambientes extremos. Alguns sugerem uma nova divisão filogenética conhecida como domínios ou superdomínios, porque as Arqueobactérias são tão distintas que podem ser divididas em três reinos: Crenarchaeota, a bactéria termofílica; Bactérias Euryarchaeota, halofílicas e metanogênicas; e Korarchaeota, encontrado em fontes termais.
Filo
Para outras bactérias além das Archaebacteria, existem cinco filos distintos, o próximo ramo da árvore filogenética. As proteobactérias são simbióticas das plantas e ajudam a fixar nitrogênio da atmosfera. As cianobactérias são conhecidas como bactérias verde-azuladas. As eubactérias são bactérias Gram-positivas tradicionalmente classificadas e possuem paredes celulares com camadas diferentes das outras bactérias. Os espiroquetas crescem em colônias em espiral. Os Chlamydiae são parasitas intracelulares.
Classificação Tradicional
As bactérias podem ser descritas como patogênicas (causadoras de doenças) ou não patogênicas. Eles também podem ser descritos como Gram-positivos ou Gram-negativos. Refere-se à absorção ou não de um corante por coloração de Gram. As bactérias gram-positivas não possuem uma membrana celular externa, e os peptidoglicanos permitem que sejam corados com violeta de cristal. As bactérias gram-negativas possuem uma membrana celular externa, mas não possuem peptidoglicanos, impedindo que sejam corados.