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O ecossistema marinho está sob forte estresse; em muitas áreas, as condições necessárias para sustentar a vida estão em risco ou inexistentes. A destruição de habitats marinhos é especialmente prevalente ao longo das costas, onde as populações humanas aumentaram. A perda de habitat, a poluição, a pesca excessiva, as práticas destrutivas de pesca e o aquecimento global estão minando o ambiente marinho.
Litoral
A perda de habitat, a poluição, o escoamento superficial e o aumento da salinidade estão destruindo os recifes de coral, as ervas marinhas e outros habitats para pássaros e peixes. À medida que as áreas úmidas costeiras são preenchidas para acomodar populações humanas em crescimento, a represa dos rios diminui o fluxo de água doce, diminui o escoamento de nutrientes e inibe a migração de peixes. Menos água doce significa aumento da salinidade em áreas úmidas e estuários, o que prejudica as gramíneas que purificam a água ao fluir para o mar. A erosão causada pelo desmatamento é sedimentada em rios, córregos e, eventualmente, no oceano, bloqueando a luz solar necessária para os recifes de coral sobreviverem.
Sobrepesca
O rendimento sustentável máximo é calculado pelos biólogos da pesca para estimar a quantidade de peixes que podem ser capturados em uma população sem arriscar sua viabilidade a longo prazo. Entre 1974 e 1999, a proporção de pescarias que ultrapassaram o rendimento máximo sustentável do bacalhau triplicou, de 10% para 30%. De acordo com o Center for Ocean Solutions, desde o início da década de 90 o total de capturas em uma das pescarias mais produtivas do mundo, o mar de Okhotsk, diminuiu entre duas e duas vezes e meia devido à pesca excessiva. No oceano Pacífico, mais da metade das nações insulares não administra de maneira sustentável seus recifes de coral.
Seafloor
Empregando uma prática conhecida como arrastão de fundo, os navios de pesca comercial arrastam grandes redes ligadas a pesos pesados pelo fundo do mar. As espécies-alvo incluem camarão, bacalhau, linguado e linguado, mas tudo ao longo do fundo do mar é capturado. A pesca de arrasto pelo fundo pode deixar o ecossistema marinho permanentemente danificado e as capturas acessórias (espécies não-alvo, como tartarugas marinhas, aves marinhas e mamíferos) são simplesmente jogadas ao mar. As capturas acessórias podem atingir 90% da captura total e os peixes ameaçados de extinção e os corais do fundo do mar são frequentemente mortos.
Acidificação
À medida que o clima esquenta, o oceano está absorvendo mais dióxido de carbono, tornando-o mais ácido. O aumento da acidez inibe a capacidade dos organismos marinhos de desenvolver conchas, e isso inclui os pequenos animais chamados plâncton que formam a base da teia alimentar dos oceanos. Alguns pesquisadores sugerem que isso também fará com que algumas espécies marinhas emitam menos compostos de enxofre que promovam a formação de nuvens, que resfriam a Terra. Os modelos climáticos prevêem que isso causará aquecimento de 0,5 graus Celsius (0,28 graus Fahrenheit) durante este século.