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Os fungos desempenham um papel importante na ciclagem de energia dentro e entre ecossistemas. Os fungos são encontrados em ambientes terrestres, marinhos e de água doce e fazem parte de uma comunidade diversificada de “decompositores” que decompõem plantas e animais mortos. Além dos fungos, essa comunidade inclui bactérias, pequenos invertebrados, como nematóides, e invertebrados maiores, como caracóis, besouros e minhocas. Os fungos transformam a matéria orgânica em formas que podem ser utilizadas por outros decompositores e em alimentos para as plantas.
Decomposição
Os fungos vivem em todos os lugares onde a umidade está presente. Eles podem ser encontrados como organismos unicelulares, como leveduras, que são invisíveis a olho nu, e como organismos multicelulares, como cogumelos, que são compostos de filamentos de células chamadas "hifas". Os fungos são tão difundidos e numerosos que eles compõem uma grande proporção da biomassa em qualquer ecossistema. Os fungos desempenham um papel muito importante no processo de decomposição, porque podem decompor materiais orgânicos resistentes, como celulose e lignina, que os invertebrados acham difícil de digerir. Os fungos liberam enzimas digestivas usadas para metabolizar compostos orgânicos complexos em nutrientes solúveis, como açúcares simples, nitratos e fosfatos. Ao contrário dos animais, que digerem alimentos dentro de seus corpos, os fungos digerem alimentos fora de seus "corpos" e absorvem os nutrientes em suas células.
Ciclagem de nutrientes
As plantas necessitam de nutrientes para o crescimento, mas raramente os nutrientes estão disponíveis livremente no solo ou na água porque estão trancados em compostos insolúveis. As plantas, portanto, contam com decompositores para fornecer nutrientes solúveis que podem ser absorvidos pelas raízes. Por exemplo, o nitrogênio, um dos nutrientes vegetais mais importantes, está preso a proteínas que não são facilmente absorvidas pelas plantas - embora algumas plantas tenham demonstrado isso. Os fungos metabolizam proteínas e liberam formas inorgânicas de nitrogênio, como o nitrato, que podem ser facilmente absorvidas pelas raízes das plantas. Em ambientes de água doce, os fungos são fundamentais na transferência de energia da floresta ripária para os ecossistemas aquáticos, decompondo a madeira e as folhas que caem na água. Nos sistemas terrestres, os fungos transferem energia de cima do solo para abaixo dele, onde são reciclados de volta para as plantas.
Simbiose
Algumas espécies de fungos formam relações simbióticas com plantas. Os fungos micorrízicos estão associados às raízes das plantas. Essa relação é mutuamente benéfica porque os fungos facilitam a transferência de nutrientes do solo para as raízes das plantas e, por sua vez, recebem carbono da planta. O carbono é armazenado por fungos no solo e, portanto, não é liberado como dióxido de carbono. Pensou-se uma vez que as plantas eram a única fonte de carbono para fungos micorrízicos. No entanto, um artigo publicado na edição de maio de 2008 da "Ecologia Funcional" revela que os fungos micorrízicos podem decompor ativamente o carbono orgânico e, portanto, desempenham um papel maior na perda de carbono e na entrada do solo do que se pensava anteriormente. Os líquenes são outro tipo de fungo que forma uma relação simbiótica, mas o fazem com as cianobactérias. Os líquenes fornecem abrigo para as bactérias, que por sua vez produzem energia e carbono para os líquenes via fotossíntese.
Fonte de alimento
Existem muitos animais que dependem parcial ou totalmente de fungos como fonte de alimento. Os mamíferos herbívoros tendem a ser alimentadores de fungos oportunistas, comendo fungos se o encontrarem enquanto navegam na floresta. No entanto, para alguns animais, os fungos representam grande parte de suas dietas. Exemplos são o caribu, que depende muito dos líquenes das árvores para a alimentação durante o inverno, quando não há alimentos folhosos, e o potoroo de nariz comprido, um mamífero australiano cuja dieta consiste quase inteiramente em corpos de frutificação por fungos. Muitos invertebrados também comem fungos, tanto de forma oportunista quanto ativa. Os invertebrados de corrente recebem energia extra quando comem folhas em decomposição que têm fungos crescendo nelas. As lesmas de banana são comumente observadas alimentando-se de cogumelos e outros fungos, que parecem favorecer sobre outros alimentos.