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A vida floresceu nas florestas tropicais da Costa Rica e nos ambientes marinhos (uma em cada 20 espécies de plantas e animais pode ser encontrada na Costa Rica), mas também há mais de 100 espécies na União Internacional para a Conservação da Natureza e dos Recursos Naturais em perigo de extinção. lista de espécies. Desmatamento, conversão de habitat e poluição são os culpados por trás da atenuação de muitas espécies.
Mamíferos
A Costa Rica possui uma das populações mais ricas em morcegos do mundo, composta por metade da população de mamíferos. As espécies de morcegos na lista variam do grande morcego espectral predatório ao morcego branco hondurenho, com apenas 37 a 47 mm de comprimento, embora ambos apresentem baixo risco. Felinos, como o pequeno gato malhado, o puma da Costa Rica e a onça-americana da América Central, foram expulsos de seus habitats, e o mico-leão-marinho, o bugio-manto e os primatas do macaco-aranha Geoffroys diminuíram muito. Outros mamíferos ameaçados incluem o tamanduá gigante, o cervo Sambar e a anta Bairds.
Pássaros
A Costa Rica é o lar de 894 espécies de aves, mais do que nos EUA e no Canadá juntos. Destes, mais de 600 são residentes permanentes, incluindo o ameaçado guarda-chuva de pescoço nu, guan preto e tanager azul e dourado, mas aves como a toutinegra-de-cerúleo e a andorinha-do-mar elegante são migratórias. O tentilhão da ilha de Cocos reside na ilha de Cocos, a 360 milhas da costa da Costa Rica. É o único dos tentilhões de Darwins que não é totalmente endêmico das Galápagos. Outras aves ameaçadas incluem espécies familiares, como a águia (águia solitária negra), arara (grande arara verde), beija-flor (beija-flor-de-mangue) e papagaio (papagaio de frente vermelha).
Répteis e Anfíbios
A iguana de cauda espinhosa de cinco quilhas e a tartaruga de lama de ponte estreita são alguns dos répteis ameaçados de extinção, mas existem muitos anfíbios mais ameaçados, a maioria dos quais são sapos ou salamandras, normalmente representados por grande diversidade nos ambientes da floresta tropical. O sapo da folha do lêmure e o sapo da árvore Starretts são listados como criticamente ameaçados. O mesmo acontece com a salamandra-de-verme El Empalme e duas espécies de sapos: o sapo pico blanco e o sapo-de-bico-fino. O sapo dourado de Monte Verde não é visto desde 1989 e é considerado extinto.
Peixe
A maioria dos peixes da Costa Rica na lista de espécies ameaçadas está quase ameaçada ou vulnerável.Estes incluem a garoupa de oliva, o cavalo marinho do Pacífico e o tubarão-coroa. Vários raios também estão na lista, como o raio elétrico bullseye no Pacífico e o raio cownose no Atlântico.
Invertebrados
Há um número de donzelas das sombras ameaçadas, insetos que se parecem com libélulas. Estes incluem as espécies de dorso negro, alongado, chiriquita, cacau e reventazon. Muitos dos outros insetos ameaçados de extinção são libélulas de botão como as espécies limon, humped, catago, vulcão, alajuela e chifres. Duas espécies de caranguejos de água doce e vários corais marinhos também fizeram parte da lista da IUCN.
Plantas
Existem mais de 9.000 espécies conhecidas de plantas na Costa Rica. Plantas ameaçadas de extinção incluem membros da família das leguminosas, como o abarema e o lancepod, cujo último nome deriva de seus frutos semelhantes a lanças. Existem também 24 espécies da eugenia da planta com flores, nove espécies da planta aromática quararibea e duas espécies do gênero virola, que estão intimamente relacionadas à noz-moscada e têm flores amarelas com odor pungente. Outros gêneros ameaçados incluem o amora coral, a palmeira cryosophila e a cedrela perene ou de estação seca. A jatrofa costarriquenha, a árvore manilkara e a árvore gavilán blanco são espécies de plantas especificamente ameaçadas.