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A eletroforese em gel é uma técnica que permite que o DNA seja analisado no nível de suas moléculas constituintes. Neste método de visualização de DNA, as amostras são colocadas em um meio de gel de agarose e um campo elétrico é aplicado ao gel. Isso faz com que fragmentos de DNA migrem através do gel em taxas diferentes, de acordo com suas propriedades eletroquímicas.
Brometo de etídio
Para esta técnica de visualização, o brometo de etídio é misturado com pó de agarose, tampão EDTA e água para formar a matriz de gel antes da eletroforese. Como resultado, as moléculas de brometo de etídio se dispersam uniformemente por toda a matriz. Depois que os poços de géis são preenchidos com suas respectivas amostras de DNA e corantes de rastreamento, é aplicada tensão para atrair lentamente os grandes compostos polares através da matriz.
Durante esse movimento, as bases das moléculas de DNA se ligam temporariamente às partículas graças à carga de brometo de etídio, arrastando-as. Quando a eletroforese em gel é concluída, cada molécula de DNA é captada em uma quantidade significativa de brometo de etídio.
Na presença de luz ultravioleta, o brometo de etídio exibe fluorescência. Os técnicos emitem uma luz UV especialmente calibrada em todo o gel enquanto uma máquina captura a imagem dos fragmentos brilhantes.
Azul de metileno
Se um transiluminador UV não estiver disponível ou for prático, os técnicos podem tornar o DNA visível em condições normais, embebendo o gel de agarose acabado, com DNA eletroforesizado no interior, em uma solução de azul de metileno durante a noite.
Um sal de cloreto com um ânion significativamente hidrofóbico, moléculas de azul de metileno penetram em toda a matriz de gel. No entanto, a ligação de hidrogênio em todo o DNA faz com que as moléculas de mancha se acumulem. Essa densidade aumentada de manchas de DNA produz um tom mais profundo de azul, visível a olho nu.
Corantes de rastreamento
Além do tamanho relativo das bandas de DNA, os técnicos podem medir o tamanho absoluto (em pares de bases) de cada fragmento usando produtos químicos chamados corantes de rastreamento. Visíveis sem a adição de azul de metileno ou brometo de etídio, corantes de rastreamento como azul de bromofenol e xileno cianol se movem pelas matrizes de gel de aragose durante a eletroforese na mesma velocidade dos fragmentos de DNA que consistem em 300 nucleotídeos e 4.000 nucleotídeos, respectivamente. Na eletroforese, fragmentos de DNA mais massivos viajam através da matriz de gel a uma velocidade mais lenta que os fragmentos menores. Portanto, embora os corantes de rastreamento não influenciem diretamente a visibilidade dos fragmentos de DNA, a comparação da posição de um fragmento de DNA no gel com a posição desses corantes permite que os técnicos "vejam" o número aproximado de nucleotídeos que o fragmento de DNA contém.