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Os cientistas têm a capacidade de sequenciar a molécula de DNA; em outras palavras, eles podem determinar a ordem das bases nucleotídicas em qualquer molécula. Sequenciar a molécula de DNA pode ser o primeiro de uma série de etapas necessárias para descobrir como os nucleotídeos específicos de uma molécula de DNA interagem entre si e codificam características diferentes em um organismo. O processo de sequenciamento de DNA está bastante envolvido, mas os sequenciadores automáticos de DNA estão minimizando o envolvimento humano necessário, por pelo menos parte do processo.
Preparação de amostra
Para que um seqüenciador de DNA automático funcione, ele deve detectar as quatro bases nucleotídicas que compõem o DNA: adenina, guanina, timina e citosina. Os cientistas copiam um pedaço de DNA muitas vezes e usam enzimas de restrição para cortar o DNA em pedaços de tamanhos variados. Eles então adicionam uma pequena quantidade de base marcada fluorescente a cada lote de DNA. A base, que é adenina, timina, guanina ou citosina, se ligará ao seu complemento de base no final de uma fita. Por exemplo, a adenina se liga aos fios que terminam com timina e a guanina se liga aos fios que terminam com citosina.
Construção automática de seqüenciador de DNA
Um seqüenciador de DNA automático é construído como um seqüenciador de DNA que requer mais trabalho manual. Especificamente, um seqüenciador automático de DNA é um tanque, com cerca de um pé de comprimento, com 96 poços de gel nos quais o DNA pode ser derramado. Em um seqüenciador automático de DNA, assim como em qualquer seqüenciador de DNA, o DNA é injetado nos poços de gel na parte superior do tanque e uma carga negativa é aplicada àquela extremidade do tanque. A carga negativa fornece um forte impulso para que as cadeias de DNA viajem distâncias diferentes, até o final do tanque.
Injeção Automática
Um seqüenciador de DNA automático injeta lotes de DNA, automaticamente, na parte superior do gel. Como tal, economiza aos pesquisadores uma quantidade enorme de tempo e esforço. Depois que os lotes são injetados, o seqüenciador aplica automaticamente uma carga negativa a uma extremidade do tanque, fazendo com que os fios migrem distâncias variáveis através do gel. As diferentes distâncias refletem os diferentes tamanhos de filamentos de DNA que passam pelo gel.
Detector
Muitas máquinas automáticas de sequenciamento de DNA são instaladas para detectar o corante fluorescente nas fitas de DNA que passam pelo gel. Ao fazer isso, eles podem identificar os nucleotídeos que estão nas extremidades dos fios e registrá-los no computador. No entanto, os sequenciadores, na melhor das hipóteses, apresentam uma versão confusa dos nucleotídeos de DNA. Depois de usar uma máquina automática de sequenciamento de DNA, você deve passar por um processo chamado "acabamento", no qual uma combinação de computadores e pesquisadores classifica os resultados da detecção da fita de DNA para reunir os dados em uma descrição abrangente de uma fita de DNA. Não é de surpreender que esse processo possa demorar muito mais do que o processo real de sequenciamento.